----Nos últimos cinco anos, a Sema foi alvo de investigação em sete operações deflagradas pela Polícia Federal: Curupira I, Curupira II, Mapinguari, Arco de Fogo, Termes e Caipora e, agora, Jurupari. Nessas investigações, diversos servidores, políticos, madeireiros e ocupantes de cargos comissionados acabaram presos.
----Operação Curupira I- Foi desencadeada em 2005. Desarticulou uma das maiores organizações criminosas do país, envolvendo madeireiros, despachantes especializados na extração e transporte ilegal de madeira, envolvendo alguns servidores públicos do Ibama e da extinta Fema (hoje Sema). A quadrilha teria transportado um volume de madeira avaliado em R$ 890 milhões.
----Curupira II - Em agosto de 2005, foi deflagrada para conter nova investida da quadrilha
----Mapinguari - Em 2007, com propósito de desarticular grupos organizados nas atividades ilegais de extração de madeira no Parque Indígena do Xingu.
----Arco de Fogo – Em 2008, foi combatida a extração e venda clandestina de madeira na Amazônia Legal.
----Termes - Em abril de 2008 e prendeu servidores da Sema e do Ibama.----Caipora - Ainda em 2008, para desarticular quadrilha acusada de extração ilegal de madeira no Vale do Guaporé.
----Jurupari - Prendeu nesta sexta (28) quase 100 pessoas, entre elas advogados, engenheiros, madeireiros e gestores sob acusação de ter cometido crimes ambientais.
Chico de Oliveira